Date de naissance inconnue; élu le 1er mai 1045; abdiqua à Sutri le 20 décembre 1046; mourut probalement à Cologne, au début de 1048. en 1045 le jeune libertin Benoît IX occupait la chaire de Pierre. Anxieux de savoir s'il lui était possible de démissionner de son poste de souverain pontife en vue de se marier (poste que, bien qu'il fût totalement inapte à l'occuper, il avait obtenu grâce à sa famille), il consulta son parrain, Jean Gratien, archiprêtre de Saint-Jean-de-la-Porte-Latine, un homme de grande réputation pour sa droiture de caractère, en vue de savoir s'il pouvait démissionner du suprême pontificat. Quand il fut convaincu que la chose était possible, il offrit le poste de pape à son parrain contre une forte somme d'argent. Désireux d'enlever le siège de Rome à un pontife aussi indigne, Jean Gratien, en toute bonne foi et simplicité, lui donna l'argent et fut reconnu comme pape à sa place. Malheureusement l'accession de Gratien, qui prit le nom de Grégoire VI, bien qu'elle fût saluée avec joie, même par un observateur aussi attentif des règles que pouvait l'être saint Pierre Damien, n'apporta pas à l'église la paix qu'on pouvait en attendre. Quand Benoît quitta la ville après avoir vendu la papauté, il y avait déjà en lice un autre aspirant au Siège de Pierre: Jean, évêque de Sabina, avait été acclamé comme pape sous le nom de Sylvestre III par cette faction de la noblesse qui avait poussé Benoît IX hors de Rome en 1044 pour l'installer à sa place. Bien que le pape chassé (Benoît IX) revînt bientôt et parvînt à contraindre Jean à se retirer à Sabina, ce prétendant n'abandonna jamais ses vues sur le siège pontifical et, à travers ses partisans, parvint apparemment à conserver quelque contrôle sur une partie de Rome. Benoît, également incapable, semble-t-il, d'obtenir l'épouse sur laquelle il avait fixé son coeur, se repentit bientôt de sa démission, revendiquant à nouveau le titre pontifical, et semble lui aussi avoir réussi à contrôler une partie de Rome.
Avec un trésor vide et un clergé qui avait en grande partie perdu le goût de la justice, Grégoire fut confronté à une tâche presque désespérée. Néanmoins, avec l'aide de son chapelain, Hildebrand, déstiné plus tard à être le grand pape Grégoire VII, il essaya de rétablir l'ordre civil et religieux. Il lutta pour ce dernier au moyen de lettres et de conciles, et pour le premier par la force des armes. Mais les factions des antipapes étaient trop fortes pour qu'il pût les mettre au pas, et la confusion ne fit qu'augmenter. Convaincu que rien ne pourrait résoudre le conflit sinon une intervention allemande, nombre de clercs et de laïcs influents se séparèrent de la communion avec Grégoire ainsi que des deux autres prétendants à la papauté, et supplièrent le belliqueux roi Henry III de traverser les Alpes et de rétablir l'ordre. Toutes affaires cessantes, Henry descendit en Italie à l'automne 1046. Fort de la conviction d'être innocent, Grégoire partit vers le Nord à sa rencontre. Il fut reçut par le roi avec tous les honneurs dus à un pape, et répondit favorablement à la demande royale de convoquer un concile à Sutri. Des deux antipapes, seul Sylvestre se présenta au synode, qui fut ouvert le 20 décembre 1046. Sylvestre et Grégoire furent tous deux déboutés de leur prétention à la papauté. Déchu de tout rang clérical et considéré comme usurpateur depuis le début, Sylvestre fut condamné au confinement dans un monastère pour le reste de sa vie. Le cas de Benoît ne présentait, lui non plus, aucune difficulté. Il n'avait maintenant plus de droit sur la papauté, et il démissionna volontairement. Mais il en allait différemment de Grégoire. Toutefois, quand les évêques du synode l'eurent convaincu que l'acte par lequel il était devenu pontife était intrinsèquement simoniaque et lui demandèrent de démissionner, Grégoire, voyant qu'il n'avait pas trop le choix, abandonna sa charge de son propre chef. Un Allemand, Suidger, évêque de Bainberg (Clément II) fut alors élu pour le remplacer. Accompagné d'Hildebrand, Grégoire fut emmené en Allemagne par Henry en mai 1047, et il y mourut peu de temps après .
Liber Pontificatis, ed. DUCHESNE, II, 270 sqq.; quelques bulles de Grégoire in P.L. , CXLII; DESIDERIUS, Dialogi in P.L., CXLIX; BONIZO, Ad amicum; GLADER,Historiae; HERMANNUS CONTRACTUS et autres chroniqueurs et annalistes. Cf. MITTLER, Deschismate in eccles. Rom. sub Bened. IX (1835); JAFFE, De Greg. VI abdicatione dans sa Biblioteca rer. Germ. (1865), II, 594-600; MANN, Lives of the Popes in the Early Middle Ages (Londres et St. Louis, 1900), V.