Intronisé en 985; décédé en avril 996. Après que Jean XIV eût été déposé par la force, l'usurpateur, Boniface VII, régna environ onze mois, jusqu'à sa mort en juillet 985. Un presbytre romain du nom de Jean, fils de Léon, fut alors élu pape et couronné entre le 6 août et le 5 septembre 985. Quelques chroniqueurs tardifs (Marianus Scotus, Godfrey ou Viterbe) et quelques catalogues pontificaux donnent comme successeur immédiat de Boniface un autre Jean, fils de Robert, qui est supposé avoir régné quatre mois et se trouve placé par quelques historiens dans la liste des papes sous le nom de Jean XV. Bien que ce pape supposé n'ait jamais existé, le fait qu'il ait été catalogué par ces historiens a jeté un désordre dans la numérotation des papes nommés Jean, le vrai Jean XV étant souvent appelé Jean XVI. A cette époque, le patricien Jean Crescentius, fils du duc Crescentius, avec l'aide de ses partisans, avait pris le contrôle total du pouvoir temporel dans Rome. Selon certains chroniqueurs, l'ascendant de Crescentius devint si insupportable au pape que Jean s'enfuit en Toscane pour y chercher l'aide de l'impératrice Theophano, mais finit par retourner à Rome suite aux promesses que lui avait faites Crescentius. En fait, Jean demeura durant tout son pontificat sous l'influence du puissant patricien bien qu'il conservât des relations amicales avec la cour d'Allemagne et l'impératrice Adélaïde, veuve d'Othon Ier, ainsi que Théophanie, veuve d'Othon II. La médiation du pape fut demandée par l'Angleterre dans la querelle entre le roi Aethelred et Richard de Normandie. Le légat papal, Léon de Trevi, amena les partis à la paix de Rouen (1er mars 991), qui fut ratifiée par une bulle papale.
Une sérieuse dispute survint durant ce pontificat au sujet de l'archevêché de Reims, l'intervention du pape n'amenant dans un premier temps aucun résultat. Hugues Capet, qui avait été élevé au trône de France, fit nommer Arnulf, neveu du duc Charles de Lorraine, archevêque de Reims en 998. Charles était un adversaire d'Hugues Capet, et réussit à prendre Reims et à faire prisonnier l'archevêque. Hugues, toutefois, considéra Arnulf comme un traître, et exigea sa déposition par le pape. Avant de recevoir la réponse de ce dernier, Hugues captura et le duc Charles et l'archevêque Arnulf, et convoqua un synode à Reims en juin 991, qui déposa Arnulf et lui choisit pour successeur l'abbé Gerbert ( qui deviendra plus tard le pape Sylvestre II). Ces méthodes furent réprouvées par Rome, bien qu'un synode tenu à Chela eût ratifié les décrets de celui de Reims. Le pape somma les évêques français de tenir un synode indépendant à Aix-la-Chapelle pour reconsidérer la question. Comme ils refusèrent, il les appela en synode à Rome mais ils prétextèrent une conjoncture agitée en France comme en Italie pour refuser d'obéir à cette convocation. Le pape, alors, envoya Léon, l'abbé de St-Boniface, comme légat en France, avec la mission de réunir un synode des évêques français et allemands à Mousson. A ce conseil, seuls les évêques allemands se rendirent, les Français étant arrêtés en chemin par les rois Hugues et Robert. Gerbert tenta de se dicsulper au synode qui eut lieu le 2 juin 995, mais fut condamné et suspendu jusqu'au 1er juillet, quand un nouveau synode se tint à Reims. Suite aux menées du légat, la déposition d'Arnulf fut déclarée illégale. Après la mort d'Hugues Capet (23 octobre 996), Arnulf fut libéré de sa prison, et en 997 le Saint Siège assura sa réhabilitation dans toutes ses dignités. Gerbert se mit en route pour la cour impériale de Magdebourg, et devint le précepteur d'Othon III. A un synode romain tenu au Latran le 31 janvier 993, l'évêque Ulrich d'Augsburg fut solennellement canonisé, un événement que le pape annonça aux évêques français et allemands dans une bulle datée du 3 février. C'était la première fois qu'une canonisation solennelle se trouvait proclamée par un pape. Jean octroya de nombreux privilèges à des églises et des couvents, et fut le patron et le protecteur des moines de Cluny. En 996 l'empereur Othon entreprit un voyage en Italie pour obtenir du pape la couronne impériale, mais Jean mourut au début du mois d'avril, tandis qu'Othon resta jusqu'au 12 avril à Pavie pour y fêter Pâques.
Liber Pontificalis, ed. DUCHESNE, II, 260; JAFFÉ, Regesta Rom. Pont., I (2nd ed.), 486-9; LANGEN, Gesch. der röm. Kirche, III, 369-80; GIESEBRECHT, Gesch. der deutschen Kaiserzeit, I (5th ed.), 593 sqq.; HÖFLER, Deutsche Päpste, I, 74 sqq.; HEFELE, Conciliengesch., IV (2nd ed.), 635 sqq.; REUMONT, Gesch. der Stadt Rom., II, 296 sqq.; GREGOROVIUS, Gesch. der Stadt Rom., III (5th ed.), 409 sqq.